Lancetnik rozmnaża się wyłącznie płciowo. Jest rozdzielnopłciowy. Organami rozrodczymi są jądra u samca i jajniki u samicy. Brak jest przewodów wyprowadzających komórki rozrodcze. Dojrzałe komórki płciowe wypadają do jamy okołoskrzelowej w wyniku pękania gonad, a następnie wydostają na zewnątrz przez otwór atrialny. Zapłodnienie u lancetnika jest zewnętrzne. Z zapłodnionego jaja wylęga się asymetryczna larwa (po lewej otwór gębowy, po prawej szczeliny skrzelowe) pokryta urzęsionym nabłonkiem (dz