moje 4

Podaj przykłady metody badania interakcji DNA/Białko

EMSA, genetic footprinting

Oznaczanie ilości transkryptu można wykonać metodami:

DOT-BLOT i NORTHERNBLOT

W tej metodzie białka nie są rozdzielane przy użyciu elektroforezy a bezpośrednio nanoszone na membranę a następnie wykrywane za pomocą przeciwciał.

DOT-BLOT

Ile sekwencji zawiera 1 Mikromacierz (Chip) DNA?

97 000

Ile pól zawierają mikromacierze (chipy) DNA?

47pól (każde jeszcze 45x45) razem 97 000 fragmentow sekwencji

Do czego najczęściej wykorzystywane są mikromacierze (chip) DNA?

Do badania ekspresji genów

Co to jest efekt hyperchromiczny?

ssDNA ma większą adsorbancję w 260nm niż dsDNA

Wiedza (z grubsza) o położeniu genów na chromosomie wyrażona jest w:

częstości rekombinacji (cM)

Metoda która służy do oznaczania miejsc genów na chromosomie to...:

Mapowanie genomów

Metody oznaczania miejsc genów na chromosomie (WYMIEŃ):

-mapowanie genetyczne (mejotyczne) -mapowanie fizyczne: FISH, STS, mapowanie klonów, mapowanie restrykcyjne

Mapowanie regionów na chromosomach z użyciem sond fluorescencyjnych to:

FISH

Mapowanie genomów któe wykorzystuje krótkie unikalne sekwencje zwykle amplifikowanie w PCR to:

STS

Wymień organizmy których sekwencje genomów poznano:

E. coli, S. cerevisiae, człowiek, Drosophila melanogaster

Ile % różnic jest między sekwencjami ludzkimi?

0,1 - 0,2 % różnic (a w sumie 3-6mln różnic w skali genomu)

Ile % genomu szympansa i człoiwieka jest identyczne?

98%

Ile % genomu człowieka nie posiada przypisanej funkcji?

97%

Który chromosom był zsekwencjonowany jako pierwszy?

22

Linie komórkowe z rodzin składających się z co najmniej 2 dziadków, 4 rodziców, 6 dzieci to:

CEPH

Ile jest znanych monoallelicznych chorób genetycznych?

17 000

Informacje o monoallelicznych chorobach genetycznych są dostępne w jakiej bazie danych?

OMIM

Choroba Huntingtona dotyczy którego chromosomu?

4

Mukowiscydoza dotyczy którego chromosomu?

7

Anemia sierpowata którego chromosomu dotyczy?

11

Retinoblastoma dotyczy którego chromosomu?

13

Choroba Alzheimera dotyczy którego chromosomu?

21

Zastosowania techniki RFLP:

różnicowanie organizmów wykazywanie powiązań rodzinnych w kryminalistyce do idenytyfikacji osób potwierdzanie ojcostwa

Minisatelity to inaczej:

VNTRs

Minisatelity jakiej są długości?

10-100pz

Satelity które są umieszczone nierównomiernie w genomie (najwięcej jest ich na końcach chromosomów) to mini czy mikro?

minisatelity

Startery które okalają mikrosatelity to

markery STS

Metody badania proteomu to:

- elektroforeza dwuwymiarowa 2D -spektrometria masowa -krystalografia rengenowska

Rozproszone po całym genomie pojedyncze różnice w nukleotydach, bez presji selekcyjnej na zdolności reprodukcyjne ale mogące zaburzać ekspresję genów to:

SNP

Zmienności ilości powtórzeń genów lub ich części to:

CNV (copy numer variations)

Zespół etycznych i prawnych problemów związanych z poznaniem genomów np. dyskryminacji genetycznej (długość życia, podatność na choroby) to:

ELSI

Białka których synteza przebiega bezpośrednio od Met kodowanej przez cDNA to:

białka natywne

Białka zawierające dodatkowe peptydy na N- lub C-Końcu to:

białka fuzyjne

Do ekspresji białek fuzyjnych wykorzystywani są tacy gospodarze jak:

E. coli, ssaki, drożdze, Bakulowirusy

Narzędzia wykorzystywane do ekspresji białek fuzyjnych to:

mutageneza, klonowanie fuzyjne, interakcje białko-białko, wysokoprzepustowość

Wymień metki:

HIS-tag, Strep-tag, Flag-tag, myc-tag, GST-tag

Wektor który pozwala na wprowadzenie do bakterii i efektywną ekspresję białka, który zawiera gen oporności na kanamycynę to:

wektor pET28a

Bakulowirusy posiadają jaki kwas nukleinowy?

dsDNA, kolisty

Jaki kapsyd zawierają Bakulowirusy?

w formie laseczki

Co najczęściej atakują Bakulowirusy?

W naturze najczęściej motyle (larwy motyli łuskoskrzydłych) - ćmy i jedwabniki

Bakulowirusy posiadają otoczkę zbudowaną z:

białka polihedryny

w Bakulowirusach gen polihedryny został czym zastąpiony?

miejscem insercji genu egzogennego

Wektor wahadłowy to np.

Bacmid

Co to jest Bacmid?

Jes to zrekombinowane DNA koliste bakulowirusa wykorzystujące replikon mini-F (plazmidu płciowego E. coli) do replikacji w bakteriach jak i miejsce attTn7 jako miejsce klonowania obcego genu przez transpozycję wykorzystującą transpozon Tn7

Wymień ssacze linie komórkowe:

HeLa, HepG2, CHO

Co to są muteiny?

To białka otrzymane na drodze inż. gen. Ich sekwencja różni się od sekwencji natywnej.

Wymień farmaceutyki wytwarzane na drodze inż, gen

insulina, hormon wzrostu, DNaza, alfa-interferon

Co to jest chymozyna?

Chymozyna, inaczej podpuszczka, proteolityczny enzym prowadzący koagulację kazeiny mleka. Źródła: cielęta, krowy, świnie, Grzyby mikroskopijne: RHIZOMUCOR

Co to jest rBST

rekombinowana Somatotropina wołowa

Do diagnostyki jakich infekcji jest wykorzystywana inż, gen?

HIV, HPV, Gruźlica, Borelioza

Do diagnostyki jakich chorób o podłożu genetycznym przyczyniła się inż.?

mukowiscydoza pląsawica Huntingtona Dystrofia mięśniowa Duchenne'a

Wymień choroby dziedziczące się autosomalnie dominująco:

choroba Huntingtona, stwardnienie guzowate, rodzinna polipowatość jelita grubego

Wymień choroby dziedziczące się autosomalnie recesywnie:

alkaptonuria, choroba Wilsona, anemia sierpowata

Wymień Choroby dziedziczne sprzężone z chromosomem X:

dystrofia mięśniowa Duchenne'a, hemofilia Ai B Zespół łamliwego chromosomu

Wymień autosomalne abberacje chromosomowe:

Trisomia 13 - zespół Patau Trisomia 18 - zespół Edwardsa Trisomia 21 - zespół Downa

Wymień aberracje chromosomowe dotyczące chromosomów płciowych:

Brakujący Y - zespół Turnera Dodatkowy X (XXX) - superkobieta Dodatkowy X (XXY) - zespół Klinefeltera Dodatkowy Y (XYY) - zespół Jacobsa

Wymień strukturalne defekty w abberacjach:

delecja duplikacja inwersja translokacja

W mukowiscydozie jak często występuje zmutowany allel?

1 na 2-/25 osób

70% przypadków w mukowiscydozie jest spowodowane:

mutacją punktową, delecją 3pz co skutkuje delecją fenyloalaniny

Pląsawica Huntingtona dotyczy jakich powtórzeń?

trzynukleotydowych (sekw. CAG) normalnie do 34 powtórzeń więcej niż 42 powtórzenia indukują powstanie choroby

W dystrofii mięśniowej Duchenne'a ma miejsce uszkodzenie genu kodującego jakie białko?

dystrofinę - łączy ona włókna aktynowe i bierze udział w przekazywaniu sygnałów

Drogi wprowadzania transgenów in vivo to np:

insercja transgenu do liposomów lub wektorów i dostarczenie do tkanki np do płuc przez aerozol

Drogi wprowadzania transgenów ex vivo to:

przemieszczenie zmodyfikowanych komórek do organizmu

Systemy wirusowe wprowadzania transgenów to:

retrowirusy adenowirusy wirusy AAV

Systemy nie-wirusowe wprowadzania transgenów to:

Nagi DNA Liposomy Lipopleksy

Interferencja RNA jest wyzwalana przez:

dsRNA

W interferencji RNA jakie białko rozpoznaje dsRNA i tnie je na fragmenty?

DICER i degraduje dsRNA na fragmenty 21 nt

Mikrosatelity to inaczej:

STR

Jak dzielą się metody transgenizacji roślin?

Na fizyczne i biologiczne

Wymień fizyczne metody transgenizacji roślin:

mikroiniekcja, działko genowe, elektroporacja, fuzja protoplastów

Wymień biologiczne metody transgenizacji roślin?

wykorzystanie bakterii Agrobacterium tumefaciens - wywołujące w naturze guzowatość korzeni

Plazmidy Ti służące jako wektory do transgenezy roślin mają:

CON - gen transferu koniugacyjnego Geny T-DNA - powodujące rozrosty nowotworowe tkanki roślinnej Geny katabolizmu opin - stanowią pożywke dla bakterii, nieprzyswalajne dla roślin (pochodne aminokwasów) OKTOPINY i NOPALINY VIR - rozpoznanie uszkodzonych tkanek roślinnych (25 genów) uaktywnienie pozostałych czynników wirulencji

Region T-DNA w plazmidzie Ti zawiera geny:

tms tml tmr nos (nopalins) ocs (octopins)

Sztuczny bakteryjny chromosom pozwalający przenoszenie z Agrobacterium do roślin stosunkowo dużych fragmentów DNA to:

BIBAC

BIBAC - binarny sztuczny chromosom bakteryjny, umożliwia przenoszenie z Agrobacterium do rośliny jak dużych fragmentów DNA?

ok 150 tysięcy pz

Przykłady transgenicznych roślin:

złoty ryż, Flavr-Savr - pomidory soja, kukurydza, bawełna, rzepak

organizm zbudowany z komórek różniących się genetycznie to

CHIMERA

Przykłady myszy transgenicznych:

SUPER-MYSZ (szczurzy hormon wzrostu) MYSZ-CF - zapada na mukowiscydozę onko-mysz - zapada na nowotwory sutka mysz - tramp (nowotwór prostaty)

Delikatna liza enzymatyczna ściany komórkowej podczas LIZY KOMÓREK I UWOLNIENIA KWASÓW NUKLEINOWYCH pod wpływem jakich środkow?

lizozym pektynazy celulazy

Liza detergentowa błon komórkowych podczas IZOLACJI KWASÓW NUKL. pod wpływem jakich środków?

TX100, Tween20, SDS

Separacja kwasów nukleinowych od pozostaych składników - jakie stosujemy do tego środki?

ekstrakcja mieszaniną fenol/chloroform + precypitacja etanolem (izopropanolem)

Jeśli podczas izolacji kwasów nukleinowych chcemy uzyskać DNA stosujemy

trawienie RNazą A

Jeśli podczas izolacji kwasów nukleinowych chcemy uzyskać RNA stosujemy

DNazę I

Jak rozkładają się warstwy (OD GÓRY) podczas ultrawirowania w gradiencie chlorku cezu?

białka chromosom plazmid RNA

Izolacja RNA metodą Chomczyńskiego - jakie wykorzystujemy składniki

izolacja całkowitego RNA za pomocą roztworu IZOTIOCJANIAITU GUANIDYNY i kwaśnego fenolu (ph 4)/chloroformu

Podczas metody Chomczyńskiego jaką fazę poddajemy wirowaniu w celu otrzymania RNA?

fazę wodną która jest na samej górze

Izolacja mRNA metodą Chromatografii powinowactwa wykorzystuje jakie składniki?

oligo-dT

W ocenie stężenia kwasów nukleinowych metoda fluorescencyjna wykorzystuje jakie substancje:

Bromek etydyny PicoGreen

Izotopy radioaktywne wykorzystywane do znakowania kwasów nukleinowych to

3H 14C 35S 32P

Nieradioaktywne substancje wykorzystywane do znakowania kwasów nukleinowych to:

biotyna DIG

Metoda sekwencjonowania sangera-coulsona polega na włączaniu:

ddNTPS dideoksynukleotydów

Pirosekwencjonowanie jakie związki wykorzystuje:

polimeraza sulfurylaza ATP lucyferaza apyraza APS lucyferyna

W pirosekwencjonowaniu jaki związek odpowiada za świecenie?

lucyferyna

W pirosekwencjonowaniu za co odpowiada apryzaza?

usuwa dNTPy i APT przygotowując do następnej rundy

W pirosekwencjonowaniu co mierzy ilość wyemitowanego światła?

Kamera CCD

ION-TORRENT

Ion Torrent posiada miliony małych wgłębień, które wypełnia się badaną próbką DNA - do tego zadania wykorzystuje się urządzenie Ion Personal Genome Machine. Następnie badany jest wpływ polimerazy na nukletydy. W dużym uproszczeniu układ posiada ogromną macierz czujników, sprawdzających zmianę pH spowodowaną uwalnianiem jonów wodoru.