utworzona w fazie jasnej siła asymilacyjna jest następnie wykorzystywana do przeprowadzenia fazy ciemnej. faza ciemna fotosyntezy stanowi cykl Calvina który dzięki się na trzy etapy- karboksylacje, redukcje i regeneracje
inaczej cykl kwasu cytrynowego, jest centralnym szlakiem metabolicznym w którym zbiegają się drogi procesów utleniania podstawowych substratów oddechowych cukrów, kwasów tłuszczowych i aminokwasów
zachodzi bez udziału łańcucha przenośników elektronów, ostatecznym akcpetorem elektronów jest związek organiczny, zachodzi zarówno u organizmów jednokomórkowych jak i u wielokomórkowych
amoniak jest przetwarzany w mocznik w cyklu mocznikowym który zachodzi w wątrobiem cykl mocznikowy należy do przemian anabolicznych i wymaga dużych nakładów energii